Tôn giáo tín ngưỡng Đại Việt thời Mạc về cơ bản vẫn như thời Lê Sơ, chịu ảnh hưởng của tín ngưỡng dân gian, Nho giáo, Phật giáo và Đạo giáo. Tuy nhiên, đã có những điểm khác biệt về chính sách tư tưởng của người cầm quyền so với nhà Lê và có sự xuất hiện của một tôn giáo từ phương Tây là Công giáo.